Menurut data sejarah desa/kalurahan yang tertulis dalam dokumen Rencana Pembangunan Jangka Menengah Desa (RPJMDes) Wahyuharjo tahun 2016-2021, jauh sebelum Indonesia merdeka Kalurahan Wahyuharjo dikenal dengan nama Kalurahan Maesan yang memiliki wilayah: Keboan, Kauman, Bulu, Kewayuhan dan Sungapan dibawah Pemerintahan Lurah dan Perabot Desa. Sesudah Indonesia merdeka Kalurahan Maesan diganti namanya menjadi Kalurahan Wahyurejo yang wilayahnya mencakup: Bulu, Maesan (Keboan, Kauman, Kewayuhan), dan Sungapan yang sekaligus merupakan wilayah Pedukuhan yaitu Bulu, Maesan Wetan, Maesan Kulon, Sungapan Kidul dan Sungapan Lor. Dalam masa penggabungan desa tahun 1947 Kalurahan Wahyurejo diganti namanya menjadi Kalurahan Wahyuharjo dibawah Pemerintahan Lurah dan Pamong Desa dengan wilayah 5 pedukuhan tersebut sampai dengan sekarang.

Sebelum tahun 2020 penyebutan Kalurahan Wahyuharjo sendiri menggunakan nomenklatur desa. Namun dengan adanya Peraturan Daerah Kabupaten Kulon Progo Nomor 4 Tahun 2019 tentang Penetapan Kalurahan; seluruh desa-desa di Kabupaten Kulon Progo berubah nomenklaturnya menggunakan kalurahan seiring berubahnya nomenklatur penyebutan kecamatan menjadi kapanewon. Perubahan tersebut merupakan salah satu amanat Undang-Undang Nomor 13 Tahun 2012 tentang Keistimewaan Daerah Istimewa Yogyakarta dalam hal pengaturan kelembagaan. Selain nomenklatur perubahan nama wilayah desa dan kecamatan, penyebutan aparat perangkat desa (pamong kalurahan) pun berubah sesuai dengan Peraturan Bupati Kulon Progo Nomor 68 Tahun 2019 tentang Pedoman Organisasi dan Tata Kerja Pemerintah Kalurahan meliputi:

1. Kepala Desa berubah menjadi Lurah;
2. Sekretaris Desa berubah menjadi Carik;
3. Kepala Urusan Umum Aparatur Desa dan Aset berubah menjadi Kepala Urusan Umum dan Perencanaan yang disebut Panata Laksana sarta Pangripta;
4. Kepala Urusan Perencanaan dan Keuangan berubah menjadi Kepala Urusan Keuangan yang disebut Danarta;
5. Kepala Seksi Pemerintahan berubah menjadi Kepala Seksi Keamanan yang disebut Jagabaya;
6. Kepala Seksi Pembangunan dan Pemberdayaan berubah menjadi Kepala Seksi Kemakmuran yang disebut Ulu-Ulu;
7. Kepala Seksi Kemasyarakatan berubah menjadi Kepala Seksi Sosial yang disebut Kamituwa; dan
8. Dukuh tetap disebut Dukuh.